工程教育认证的基本程序包括六个阶段：

(1)申请和受理。学校对照认证标准要求先做初步自评，自愿提出书面申请，认证协会秘书处会同相关专业类认证委员会对认证申请进行审核，做出是否受理决定。

(2)自评与提交自评报告。已受理认证专业依据认证标准开展自评，逐条判定是否达成标准要求，在自评基础上撰写自评报告，提交给认证协会秘书处。

(3)自评报告审阅。专业类认证委员会对已受理认证专业的自评报告进行审阅，做出是否通过自评报告的结论，并提出具体的审阅意见。

(4)现场考查。专业类认证委员会委派现场考查专家组到通过自评报告审核的专业所在学校开展现场考查活动。

(5)审议和做出认证结论。专业类认证委员会、认证结论审议委员会、理事会依次召开会议，分别做出认证结论和审议批准认证结论。认证协会发布理事会批准的认证结论。

(6)认证状态的保持与改进。通过认证的专业在通过认证的有效期内，应采取切实有效的措施进行持续改进和状态保持。必要时认证协会可随机回访，检查学校认证状态保持及持续改进情况。通过认证的专业如果要保持认证有效期的连续性，须在认证有效期届满前至少一年重新提出认证申请。